Keterangan Logo :
1. Gambar Bola Dunia
2. Gambar Lembaga keislaman
3. Gambar Kitab
4. Gambar Bintang
5. Kalimat Pungging
6. Warna Hijau
7. Warna Biru
Arti dari lambang tersebut adalah:
1. Bola Dunia : Luasnya Ilmu
2. Gambar Masjid : Lembaga Keislaman
3. Pungging : Melambangkan domisili STAI SAM berpusat di kecamatan Pungging Mojokerto.
4. Kitab : Melambangkan pengabdian terhadap Ilmu Pengetahuan.
5. Bintang sembilan : Mampu menyinari dunia (Nabi Muhammad SAW, Khulafaur Rasyidin, Empat Madzhab, Walisongo)
6. Warna Hijau : Islamisasi
7. Warna Biru : Kedalaman Iman dan Ilmu